Little Farm Clicker is een semi-idle incrementeel spel met een boerderij-management thema. Een stadsmeisje en haar twee vrienden hebben afgesproken om de gepensioneerde opa van het meisje te helpen met zijn boerderij. Ze moeten gewassen planten en oogsten en sommige percelen gebruiken voor vee. De speler helpt hen door de productie te versnellen en inkomsten te verzamelen met klik- of tikbewegingen. Ze kunnen ook sneller gaan door met één veegbeweging over meerdere percelen te vegen.
De speler gebruikt de inkomsten om extra planten en dieren te kopen en uiteindelijk negen percelen te openen tussen het hoofdgebouw en de schuur. In het begin moeten ze tarwe en kippen houden. Na verloop van tijd kunnen ze uitbreiden naar koeien, maïs en diverse andere opties. Ze kunnen ook andere soorten valuta gebruiken, waaronder blauwe kristallen en zaden, om een breed scala aan taken uit te voeren. Ze kunnen processen automatiseren, de zaadefficiëntie verhogen, inkomstenvermenigvuldigers verkrijgen en zelfs een tijdmachine gebruiken om de inkomsten sneller te verdienen door een paar dagen vooruit te springen.
Little Farm Clicker beloont de speler ook met mysteriekisten die ze kunnen openen nadat ze het negende perceel hebben vrijgespeeld. Het spel bevat missies voor elk van de vrienden. De speler kan een personage in level laten stijgen en blauwe kristallen en andere voordelen ontvangen als hij opdrachten voltooit. Af en toe geeft het spel ze ook gratis hulpmiddelen, zoals een sproeier die hun verdiensten vier uur lang verdubbelt.
De speler blijft verdienen terwijl hij weg is, zolang hij de cache van zijn browser niet wist. Ze kunnen hun verdiensten verhogen door advertenties te bekijken.