Mini Golf Saga is een driedimensionaal behendigheidsspel. In een tropisch eilandparadijs probeert de speler tweekleurige groene, geruite minigolfbanen te veroveren die zijn afgebakend met bruine houten frames. Elke baan heeft een unieke vorm. De speler putt golfballen totdat hij er een in een hole laat vallen die wordt gemarkeerd door een rood-wit gestreepte vlaggenmast en rode vlag.
De speler begint met drie ballen. Ze proberen hun minigolfvaardigheden te tonen door er een in de hole te laten vallen zonder dat hun ballen opraken. Het spel vereist dat ze begrijpen hoe ze kracht en richting moeten gebruiken om het doel te bereiken zonder dat de bal te kort komt of te ver schiet. Ze kunnen de bal bijvoorbeeld onder een hoek tegen obstakels of de muren van het frame schieten.
Mini Golf Sage straft de speler niet voor falen. In plaats daarvan kunnen ze hun vaardigheden aanscherpen door extra sets ballen te verdienen via advertentiefilmpjes.
Het spel bevat ook een verzamelopdracht. De speler verzamelt beloningen door ballen door zwevende munten te laten rollen.