Peggle Online is een bubbelschietspel met ballen in een pachinko-achtige opstelling in plaats van rijen hangende bubbels. Tegen unieke fantasie-achtergronden probeert de speler elke rode bal en balk in een level te verwijderen met metalen ballen die uit een kanon worden geschoten. Ze proberen ook een zo hoog mogelijke score te halen.
De speler richt het kanon in het midden bovenaan het scherm met een stippellijn en schiet vervolgens een kleine, middelgrote of grote metalen bal naar beneden in een speelveld dat bestaat uit ballen en balken van verschillende kleuren. Als hun projectiel een bal of balk raakt, geeft deze punten of andere beloningen, verandert van uiterlijk en verdwijnt dan uit het veld.
Het spel geeft het aantal beschikbare ballen per level weer in een balteller aan de linkerkant. Als een bal in een bewegende beker valt die naar links en rechts over de bodem van het veld schuift, kan de speler de bal opnieuw gebruiken. Anders heeft hij maar tien kansen om elke rode bal of balk te verwijderen. Als ze andere voorwerpen met verschillende kleuren raken, krijgen ze multipliers en andere beloningen. Als ze bijvoorbeeld een roze bal of balk raken, krijgen ze twee keer zoveel punten. Als ze een groene raken, krijgen ze een grotere, versterkte bal. Het spel houdt de multipliers bij met een meter aan de rechterkant van het scherm.
Peggle: Bubble Evolution geeft de speler extra ballen als deze op zijn en ze bereid zijn om naar een advertentie te kijken. Elke keer dat ze een spel winnen, krijgen ze tot drie gouden munten met sterren.
