Bubble Cats Story is een bubble-popping game met katachtige avonturen en een dierenreddingsthema. De antropomorfe katten Berry, Belle, Ziggy, Smokey en Rita hebben de hulp van de speler nodig in honderden levels. De speler knalt bubbels met projectielen om opdrachten uit te voeren, zoals het redden van kittens in badbellen nadat ze zijn gegrepen door een boosaardige octopus en het voeren van volwassen katten met speciale koekjes in bubbels.
De speler kan alleen clusters van drie of meer identieke bellen laten knappen. In plaats van een traditionele shooter sturen ze een personage aan om projectielbellen te gebruiken die in een doos op een luchtschip worden bewaard waarmee de katten van level naar level vliegen.
Het spel biedt de speler verschillende methoden om een level sneller uit te spelen. Ze kunnen preciezer schieten met een stippellijn. Ze kunnen de bubbelprojectielen verwisselen. Daarnaast kunnen ze power-ups en boosters gebruiken met de hulp van andere personages. Ze kunnen bijvoorbeeld een van de anderen genoeg koekjes voeren zodat dat personage toegang krijgt tot een speciale vaardigheid en een booster genereert die een groot aantal gemengde bellen doet knappen.
Bubble Cats Story beloont de speler met punten, sterren en munten. De speler houdt zijn score bij in de linkerbovenhoek. Ze verdienen de meeste punten als ze extreem grote clusters laten knappen en combinatiebewegingen uitvoeren waarbij ze meerdere clusters achter elkaar laten knappen zonder te missen.
