Muscle Clicker is een klikklak-spel met oefeningen en gewichtheffen als thema. Het doel van de speler is om een super mager personage aan te sturen om zijn spiermassa te verbeteren door middel van oefeningen met halters, een hometrainer en wedstrijden.
De speler kan zijn ervaring aanpassen. Boven in het scherm gebruik je een geel pictogram met een cijfer om het geslacht van het personage, de kleur en stijl van het haar en de kleding, en de kracht en het uithoudingsvermogen te veranderen. Ze verzamelen en bewaren gekochte voorwerpen via het groene inventarisicoontje met een handgewicht. Ze kopen uitrusting en stimulerende middelen via het rode winkelpictogram met een bruine zak. Ze zetten het geluid uit, passen de muziek aan en kiezen een andere achtergrond met het blauwe instellingenpictogram met een tandwiel.
In het spel kun je maximaal drie muzieknummers kiezen. Voor de achtergrond kan de speler kiezen uit een slaapkamer, een strand, een kamer met uitzicht op een bos of een maankamer met rotsen, sterren en sterrenstelsels aan de muren.
Muscle Clicker beloont de speler met ervaring en geld. De speler houdt zijn voortgang en uithoudingsvermogen bij met twee horizontale balken. Onder de tweede balk kun je zien hoeveel geld je hebt verdiend met beloningen en wedstrijdevenementen. Rechts van het personage kan de speler de trainingsmodus selecteren met de twee bovenste verticale pictogrammen (vrije gewichten of een hometrainer) en de competities (pullups en squats) met de onderste twee pictogrammen.
