Papa`s Bakeria is een tijdmanagementsimulatiespel dat zich richt op foodservice en restaurantmanagement. Een van de drie personages, Timm, Cecelia of een door de speler ontworpen personage, solliciteert naar hun droombaan in een winkel in Whiskfield Mall. Als ze de baan krijgen, verhuizen ze om aan hun nieuwe carrière te beginnen. Maar de winkel is gesloten als ze in het winkelcentrum aankomen. Papa Louie verrast ze vervolgens met een baan bij zijn nieuwe Bakeria.
Opnieuw heeft Papa Louie een nietsvermoedende werkzoekende gemanipuleerd om een van zijn franchisevestigingen over te nemen! De speler heeft geen andere keuze dan de baan aan te nemen. Hij of zij moet alle taken uitvoeren om de interesse van de klanten en de omzet op te bouwen, waaronder bestellingen opnemen bij de bestelcentrale, taarten op maat maken bij de bestelcentrale, taarten bakken bij de bakcentrale, bestellingen afwerken met toppings bij de afwerkcentrale en betalingen opnemen.
De speler probeert uitstekende beoordelingen van klanten en hoge fooien te verdienen, naast zijn of haar wekelijkse salaris, om promoties te krijgen van zijn of haar oorspronkelijke Newbie-titel naar nieuwe benamingen zoals Fudge Fanatic, Pie Decorator, Meringue Master en Banana Buddy. Elke promotie geeft ze ook toegang tot nieuwe klanten, een extra werknemer, nieuwe taartvullingen en toppings, en zelfs geld om het restaurant te upgraden.
Papa`s Bakeria voorziet de speler van tickets waarmee ze kunnen betalen om nevenspellen te spelen in Foodini`s dagelijkse Mini Game Show. Ze ontvangen kleding en andere prijzen en doen mee aan een parade voor het winkelcentrum.