Neem de leiding over de bakkerij in Puppy Cupcake door een verscheidenheid aan cupcakes en andere lekkernijen te maken. Tijdens het spel mixt de speler alle ingrediënten één voor één door elkaar voordat ze worden gebakken. Zodra ze uit de oven komen, kunnen ze worden versierd.
Elk ingrediënt staat op tafel en is voorzien van een label. Een pijl geeft aan welke ingrediënten eerst in de kom moeten worden gedaan. Het slepen van de ingrediënten naar de kom gaat soms langzaam, maar ze stromen vrij snel in de kom nadat ze van de tafel zijn gesleept. De eerste levels van Puppy Cupcake bevatten basisingrediënten en -recepten. Naarmate het spel vordert, worden er meer smaken toegevoegd en zijn er meer decoraties beschikbaar, zodat de cupcakes er wat unieker uitzien. Elke stap van het mix-, giet- en bakproces wordt getoond, zodat de cupcakes niet verbranden. Versieringen kunnen uit deeg worden gesneden om bovenop de cupcakes te leggen, en gekleurd glazuur kan ook worden gebruikt. Sommige aanwijzingen zijn niet duidelijk, waardoor het moeilijk is te weten hoe je het deeg moet rollen om sommige versieringen te maken. In de loop van het spel zijn er prijzen te verdienen voor het mengen van ingrediënten, bakken en versieren. Er zijn drie cupcakes om uit te kiezen, elk met een ander ontwerp.
