Put the Fruit Together ist ein Suika-Merge-Spiel. In einer sonnigen Fantasiewelt mit großen Puffwolken und grünen Hügeln lässt der Spieler magische anthropomorphe Früchte in einen durchsichtigen Behälter fallen, der vor einer holzgerahmten grünen Kreidetafel steht. Sein Hauptziel ist es, die Früchte zu verschmelzen, um die Gegenstände zu immer größeren Früchten weiterzuentwickeln, bis sie eine ganze Wassermelone ergeben.
Zu Beginn erhält der Spieler Kirschen und Erdbeeren. Mit der Zeit entwickelt er diese Früchte zu Zitronen, grünen Äpfeln, Orangen, Bananen, Pflaumen und anderen Sorten weiter. Das Spiel bietet keinen Timer. Stattdessen muss der Spieler lediglich verhindern, dass sich die Gegenstände bis zum oberen Rand des Behälters stapeln.
Put the Fruit Together bietet dem Spieler die Möglichkeit, eine vertikale gestrichelte Ziellinie zu erstellen, um jeden Tropfen zu lenken. Die Kraft eines Zusammenstoßes bewirkt jedoch, dass die Früchte in die Luft springen oder umkippen und an einer beliebigen Stelle des Behälters zu Boden fallen.
Normalerweise kippt eine neue Frucht, die durch eine Verschmelzung entsteht, nach links oder rechts über eine andere Frucht und setzt sich dann ab. Daher kann es für den Spieler schwierig sein, die Stelle, an der die neue Frucht fällt, vorherzusehen.
Das Spiel bietet weder eine Fruchtvorschau noch eine Schütteloption oder einen Evolutionsbooster. Stattdessen erhält der Spieler nur dann eine schwarze Totenkopfbombe, mit der er eine große Gruppe von Früchten wegsprengen kann, wenn er 5.000 goldene Sternenmünzen verdient.
