Bubble Shooter HD 3 ist ein Bubble-Popping-Spiel, das es dem Spieler ermöglicht, ein individuelles High-Definition-Erlebnis zu schaffen, während er eine Mischung aus Standard- und erweitertem Spiel genießt. Wie bei allen Spielen dieser Serie muss der Spieler mehrfarbige Blasen mit einem Shooter in Gruppen von drei oder mehr miteinander verbundenen, farblich passenden Blasen zerplatzen lassen, um das gesamte Spielfeld zu räumen und eine hohe Gesamtpunktzahl zu erreichen.
Dieses Spiel bietet alle Grundlagen, die ein Spieler erwarten kann. Es verfügt über eine standardmäßige gepunktete Ziellinie und eine Projektilblase für den Schützen, Reihen verschiedenfarbiger Blasen, die vom oberen Rand des Spielfelds herabhängen, fünf Frei-Pass-Blasen, die es dem Spieler erlauben, die Bildung von Clustern fünfmal zu verfehlen, bevor das Spiel eine Strafe ausspricht, und eine Vorschau-Blase.
Außerdem kann der Spieler über die mit drei Strichen markierte Registerkarte unten rechts ein Menü öffnen, in dem er den Schwierigkeitsgrad und die Hintergrundfarben einstellen kann. Um das Spiel noch herausfordernder zu gestalten, kann der Spieler auch von der Punktelinie auf einen Zeigerpfeil umschalten.
Obwohl Bubble Shooter HD 3 den Spieler auf die übliche Art und Weise bestraft, indem es nach einer bestimmten Anzahl von Fehlschüssen eine neue Reihe von Blasen auf das Spielfeld fallen lässt, lässt es auch einige der Blasen auf dem Spielfeld zufällig platzen. Vor allem aber bietet es eine fantastische Booster-Möglichkeit, ähnlich wie bei anderen Match-3-Spielen. Der Spieler kann runde goldene Bomben als Wurfgeschosse verwenden, um Gruppen von 15 mehrfarbigen Blasen bis zu dreimal zu entfernen.