Hex Aquatic Kraken er et match-3-puslespil i connect-stil, der bruger sekskantede (hex) former og undervandsbilleder til pladerne og fliserne i stedet for bobler, træblokke, ædelstene eller andre objekter og temaer. Som med lignende spil udfordrer det spilleren med et vist antal og en bestemt type opgaver pr. niveau.
For at komme videre til næste niveau skal spilleren til enhver tid fuldføre opgaven eller opgaverne ved at forbinde tre matchende undervandselementer for at fjerne fliserne fra det hex-formede bræt. De behøver ikke at fjerne alle brikkerne fra brættet. For eksempel kan det være nødvendigt at nå et bestemt antal point eller dyr baseret på type eller besejre bossen Kraken, før tiden løber ud.
Når spilleren fuldfører en opgave eller opgaver i Hex Aquatic Kraken, fjerner brættet automatisk resten af brikkerne. Spillet tildeler derefter point og op til tre stjerner baseret på spillerens præstationer.
Spillet giver spilleren mange tips til succes. Det viser visuelle gennemgange af specifikke træk. For eksempel, når spilleren fjerner fem eller flere forbundne matchende brikker, fjerner spillet en hel række. Hvis man fjerner seks brikker, forsvinder en stor del af brikkerne. Hvis man forbinder mere end seks brikker, kan spillet rydde alle brikker efter farve og billede eller hele brættet.