I Papas Cupcakeria gör du cupcakes till en mängd olika kunder. Du kan välja mellan två befintliga karaktärer eller skapa din egen med ett stort antal olika möjligheter att anpassa karaktären. Ju bättre och snabbare du gör cupcakes, desto högre poäng får du. En högre poäng innebär större dricks utöver din veckolön. Du kan använda din lön till att köpa kläder och tillbehör till din karaktär eller möbler för att dekorera cupcakebutiken. Du kan också låsa upp nya kunder när du spelar.
När du spelar spelet blir det mer utmanande eftersom du måste betjäna flera kunder samtidigt. Eftersom tiden är en faktor när du gör cupcakes, kommer din poäng att bli lägre ju längre det tar, desto längre tid det tar. Det finns också kunder som kallas "closers" och som är mycket mer kräsna än de andra. Även om de får sin beställning oftast rätt kan det resultera i en dålig poäng.
I slutet av varje dag får du en poäng. Om din poäng är tillräckligt hög kommer du att rankas högre. Du får också två turbiljetter som låter dig spela ett minispel. Om du slutför minispelet får du antingen pengar eller ett klädesplagg eller en möbel till din butik som belöning. Du får också en parad några dagar efter jobbet som blir mer genomarbetad ju mer kompetent du blir.
Lagrets dekorationer har också en spelmekanik och poängsätts med poäng och fräschör. Poäng delas ut för att gruppera dekorationer med liknande tema. Fräschhet får du genom att byta ut dina dekorationer regelbundet och bidra till din totala poängsumma. Ju högre poäng du får, desto färre kunder kommer att bry sig när de väntar på att du ska göra sin beställning, vilket hjälper dig att få en högre poäng.
