Ta kontroll över bageriet i Puppy Cupcake genom att göra en mängd olika muffins och andra godsaker. Under spelet blandar spelaren alla ingredienser en i taget innan han eller hon bakar dem. När de kommer ut ur ugnen kan de dekoreras.
Varje ingrediens ligger på bordet och är märkt. En pil visar vilka ingredienser som ska läggas i skålen först. Det går ibland långsamt att dra ingredienserna till skålen, men de hälls i skålen ganska snabbt efter att de har dragits från bordet. De första nivåerna i Puppy Cupcake innehåller grundläggande ingredienser och recept. Allteftersom spelet fortskrider finns det fler smaker som läggs till och fler dekorationer tillgängliga så att cupcakes ser lite mer unika ut. Varje steg i blandnings-, hällnings- och bakningsprocessen visas så att cupcakes inte bränns. Dekorationer kan klippas ut ur deg för att lägga på toppen av cupcakes, och färgad glasyr kan också användas. Vissa av anvisningarna är inte tydliga, vilket gör det svårt att veta hur man ska rulla degen för att göra vissa av dekorationerna. Under spelets gång kan man få priser för att blanda ingredienser, baka och dekorera. Det finns tre cupcakes att välja mellan där varje cupcake har en annan design.
