Ball Sort Puzzle är ett sorteringsspel som kräver att spelaren använder sin förmåga till slutledningsförmåga för att bestämma de rätta stegen för att sortera bollar efter färg i laboratorierörelser på hundratals nivåer. Provrören hänger i förgrunden av en nattlig scen utomhus.
Spelaren kan bara flytta en eller flera bollar till ett rör som har tillräckligt många tomma utrymmen och en färgmatchad boll. När de sorterar en färg på bollarna skjuter ett provrör ut färgad konfetti. Om de får slut på tomma utrymmen kan de fastna. När de bara behöver sortera bollar av en återstående färg sorterar spelet automatiskt bollarna.
Ball Sort Puzzle har flera verktyg som är utformade för att hjälpa spelaren att sortera snabbare och effektivare. Det erbjuder en ångra-knapp markerad med en bakåtpil och en tips-knapp markerad med en glödlampa. Det erbjuder också spelaren möjligheten att lägga till ett extra provrör på spelplanen, men spelaren måste titta på en annons för att använda verktyget.
Spelet har ingen timer, men det gör sorteringen svår på andra sätt. När spelaren tar sig igenom varje nivå börjar spelet blanda bollar i lite olika nyanser av varje färg. Spelaren kan inte heller använda det extra provrörsalternativet om de använder en reklamblockerare.