Papa`s Bakeria ist ein Zeitmanagement-Simulationsspiel, bei dem es um Gastronomie und Restaurantmanagement geht. Einer von drei Charakteren, Timm, Cecelia oder ein vom Spieler erstellter Charakter, bewirbt sich für seinen Traumjob in einer Whiskfield Mall-Filiale. Wenn sie für den Job ausgewählt werden, ziehen sie um, um ihre neue Karriere zu beginnen. Doch als sie im Einkaufszentrum ankommen, ist der Laden geschlossen. Papa Louie überrascht sie daraufhin mit einem Job in seiner neuen Bakeria.
Wieder einmal hat Papa Louie einen ahnungslosen Jobsuchenden manipuliert, um eine seiner Franchise-Filialen zu übernehmen! Der Spieler hat keine andere Wahl, als den Job anzunehmen. Er muss alle Aufgaben erfüllen, um das Interesse der Kunden zu wecken und die Einnahmen zu steigern. Dazu gehören die Entgegennahme von Bestellungen an der Bestellstation, das Herstellen individueller Torten an der Bastelstation, das Backen von Torten an der Backstation, die Fertigstellung von Bestellungen mit Toppings an der Top-Station und die Entgegennahme von Zahlungen.
Der Spieler versucht, zusätzlich zu seinem Wochenlohn hervorragende Kundenrezensionen und hohe Trinkgelder zu verdienen, um von seinem anfänglichen Newbie-Titel zu neuen Bezeichnungen wie Fudge Fanatic, Pie Decorator, Meringue Master und Banana Buddy befördert zu werden. Jede Beförderung verschafft ihnen außerdem Zugang zu neuen Kunden, einem zusätzlichen Mitarbeiter, neuen Tortenfüllungen und -belägen und sogar Geld, um das Restaurant aufzurüsten.
Papa`s Bakeria versorgt den Spieler mit Eintrittskarten, mit denen er auch in Foodinis täglicher Mini-Game-Show an Nebenspielen teilnehmen kann. Sie erhalten Kleidung und andere Preise und nehmen an einer Parade vor dem Einkaufszentrum teil.