In Puppy Cupcake übernimmst du die Kontrolle über die Bäckerei und stellst eine Vielzahl von Cupcakes und anderen Leckereien her. Während des Spiels mischt der Spieler alle Zutaten nacheinander zusammen, bevor er sie backt. Sobald sie aus dem Ofen kommen, können sie verziert werden.
Jede Zutat liegt auf dem Tisch und ist beschriftet. Ein Pfeil zeigt an, welche Zutaten zuerst in die Schüssel gegeben werden müssen. Das Ziehen der Zutaten in die Schüssel ist manchmal etwas langsam, aber sie kommen ziemlich schnell in die Schüssel, nachdem sie vom Tisch gezogen wurden. In den ersten Levels von Puppy Cupcake gibt es grundlegende Zutaten und Rezepte. Im Laufe des Spiels kommen weitere Geschmacksrichtungen hinzu und es stehen mehr Dekorationen zur Verfügung, so dass die Cupcakes ein wenig einzigartiger aussehen. Jeder Schritt des Misch-, Gieß- und Backvorgangs wird gezeigt, damit die Cupcakes nicht verbrannt werden. Aus dem Teig können Verzierungen ausgeschnitten werden, um sie auf die Muffins zu legen, und auch farbiger Zuckerguss kann verwendet werden. Einige der Anweisungen sind nicht klar, so dass es schwierig ist, zu wissen, wie man den Teig rollt, um einige der Dekorationen herzustellen. Während des Spiels kann man für das Mischen der Zutaten, das Backen und das Verzieren Auszeichnungen erhalten. Es gibt drei Cupcakes zur Auswahl, jeder mit einem anderen Design.
