Muscle Clicker ist ein inkrementelles Klick-Tipp-Spiel mit dem Thema Training und Gewichtheben. Das Ziel des Spielers ist es, einen superdünnen Charakter anzuleiten, seine Muskelmasse durch Übungen mit Hanteln, einem Heimtrainer und Wettbewerben zu verbessern.
Der Spieler kann sein Erlebnis individuell gestalten. Am oberen Bildschirmrand kann er über ein gelbes Symbol mit einer Ziffer das Geschlecht der Figur, die Farbe und den Stil ihrer Haare und Kleidung sowie ihre Stärke und Ausdauer ändern. Über das grüne Inventarsymbol mit dem Gewicht in der Hand können sie gekaufte Gegenstände sammeln und aufbewahren. Sie kaufen Ausrüstung und Stimulanzien über das rote Ladensymbol mit der braunen Tasche. Mit dem blauen Einstellungssymbol, das mit einem Zahnrad markiert ist, schalten sie den Ton aus, stellen die Musik ein und wählen einen anderen Hintergrund.
Das Spiel erlaubt die Auswahl von bis zu drei Musiktiteln. Beim Hintergrund kann der Spieler ein Schlafzimmer, einen Strand, ein Zimmer mit Blick aus dem Fenster auf einen Wald oder ein Mondzimmer mit Steinen, Sternen und Galaxien an den Wänden wählen.
Muscle Clicker belohnt den Spieler mit Erfahrung und Geld. Der Spieler verfolgt seinen Fortschritt und seine Ausdauer mit zwei horizontalen Balken. Unter dem zweiten Balken kann er sein aktuelles Guthaben aus Belohnungen und Wettkämpfen einsehen. Rechts von der Spielfigur kann der Spieler mit den beiden oberen vertikalen Symbolen den Trainingsmodus (freie Gewichte oder Heimtrainer) und mit den beiden unteren Symbolen die Wettkämpfe (Klimmzüge und Kniebeugen) auswählen.
