Ball Sort Puzzle er et sorteringsspil, der kræver, at spilleren bruger sine deduktive ræsonnementsevner til at bestemme de korrekte trin for at sortere kugler efter farve i laboratorieprøverør på hundredvis af niveauer. Reagensglassene hænger i forgrunden af en udendørs natscene.
Spilleren kan kun flytte en eller flere kugler til et rør, der har nok tomme pladser og en kugle af samme farve. Hver gang de sorterer en farve kugler, skyder et reagensglas farvet konfetti. Hvis de løber tør for tomme pladser, kan de sidde fast. Når de kun skal sortere kugler af én tilbageværende farve, sorterer spillet automatisk kuglerne.
Ball Sort Puzzle indeholder flere værktøjer, der er designet til at hjælpe spilleren med at sortere hurtigere og mere effektivt. Det tilbyder en fortryd-knap markeret med en pil tilbage og en hint-knap markeret med en pære. Det giver også spilleren mulighed for at tilføje et ekstra reagensglas til spillepladen, men spilleren skal se en reklame for at bruge værktøjet.
Spillet har ikke en timer, men det gør sorteringsprocessen vanskelig på andre måder. Efterhånden som spilleren kommer igennem hvert niveau, begynder spillet at blande kugler af lidt forskellige nuancer af hver farve. Spilleren kan heller ikke bruge den ekstra reagensglasindstilling, hvis han/hun bruger en reklameblokker.