Pipes: The Puzzle is een connect-stijl puzzelspel waarbij de speler logische beslissingen moet nemen binnen een bepaald aantal zetten. Het spel toont een zijaanzicht van een stad boven een ondergronds gebied met delen van losgekoppelde pijpen en een aquifer. De speler moet de pijpen met elkaar verbinden om een transportsysteem voor schoon water te creëren.
De speler kan elke pijp vier keer in een andere richting draaien. Het spel verandert het aantal bewegingen dat ze per level kunnen maken. Ze moeten kijken naar de lay-out van de secties en de juiste posities vinden voor de secties die een pad van de pijp voltooien dat van het water naar de stad leidt.
Het is belangrijk op te merken dat de speler niet elke sectie van de pijp zal gebruiken. Ook kunnen ze bepaalde gekleurde pijpen niet verplaatsen, zoals witte, en moeten ze misschien een of meer lussen maken om het water te verplaatsen. In het spel kunnen ze een hint gebruiken om alle secties te onthullen die ze moeten gebruiken om het buizenstelsel te voltooien. Ze krijgen echter maar drie hints. Daarna moeten ze naar advertenties kijken om extra hints te krijgen. Ze kunnen ook advertenties bekijken om extra bewegingen te ontvangen.
Pipes: The Puzzle heeft een klassementssysteem dat wordt weergegeven door een horizontale voortgangsbalk bij het water. Als de speler een bepaald aantal levels heeft voltooid, verandert zijn rang, verschijnt er een smiley en krijgt hij extra hints.
