Pipe Puzzle is een logisch puzzelspel. Het vereist dat een speler delen van een pijp die aan een muur hangt in verschillende richtingen draait om een enkele, volledige pijp te vormen. Het doel van de speler is om water door de pijp weg te zuigen uit een zwemgedeelte.
Een of meer mensen drijven in badpak of zwembroek op de bodem van een kamer die alleen bestaat uit een tweekleurig frame dat aan de zijkant van de muur hangt. Op het moment dat de speler de posities van de pijpen begint te veranderen, begint het water de kamer te vullen. Als de speler de pijpen op tijd draait, zuigt een automatisch systeem het water door de hele pijp naar boven en aan één kant van het frame naar buiten. Een ijsachtige discobal valt met confetti van de bovenkant van het scherm en de zwemmers dansen rond op de watervrije onderkant van het frame.
Als de speler faalt, komen een of meer zwemmers vast te zitten in de pijp of stromen ze uit de zijkant, of loopt de hele kamer vol met water, barst het water en de zwemmers uit de bovenkant en wordt het level opnieuw ingesteld.
Pipe Puzzle vereist dat de speler zich de vorm van de hele pijp voorstelt en vervolgens de secties herschikt zodat ze bij elkaar passen. De speler moet een uitstekend voorstellingsvermogen hebben, een fantastische oog-handcoördinatie en een goed gevoel voor timing om zijn taak op tijd te voltooien.
In sommige levels moet de speler een stuk pijp van een speciaal gedeelte naar een leeg gedeelte slepen om de opdracht te voltooien. Het is ook mogelijk dat ze niet elk deel van de pijp gebruiken.