Hex Aquatic Kraken è un gioco di puzzle match-3 in stile connect che utilizza forme esagonali (hex) e immagini sottomarine per le plance e le tessere invece di bolle, blocchi di legno, pietre preziose o altri oggetti e temi. Per passare al livello successivo, il giocatore deve completare il compito o i compiti collegando tre elementi subacquei corrispondenti per rimuovere le tessere dal tabellone a forma di esagono. Non è necessario rimuovere tutte le tessere dal tabellone. Ad esempio, potrebbe essere necessario raggiungere un numero specifico di punti o di animali in base al tipo o sconfiggere il boss Kraken prima dello scadere del tempo.
Quando il giocatore completa uno o più compiti in Hex Aquatic Kraken, il tabellone rimuove automaticamente il resto delle tessere. Il gioco assegna quindi punti e fino a tre stelle in base ai risultati ottenuti dal giocatore.
Il gioco fornisce al giocatore molti suggerimenti per il successo. Vengono visualizzati i passaggi visivi per mosse specifiche. Ad esempio, quando il giocatore rimuove cinque o più tessere uguali collegate, il gioco elimina un`intera fila. La rimozione di sei tessere provoca la scomparsa di un`ampia fascia di tessere. Se si collegano più di sei tessere, il gioco può eliminare tutte le tessere per colore e immagine o l`intero tabellone.
