Super Hexbee Merger è un rompicapo di tipo connect, abbinamenti e fusioni, con tema l`ape e tabelloni a forma di nido d`ape con celle esagonali vuote. L`obiettivo principale del giocatore è completare compiti specifici e raccogliere punti.
Il gioco è simile ai giochi a blocchi che utilizzano forme di poliomino. La differenza principale è che in questo gioco ogni forma è composta da esagoni invece che da cubi o quadrati. Le forme contengono anche più di un colore per consentire al giocatore di collegare esagoni o esagoni più piccoli con quelli corrispondenti sul tabellone.
Il giocatore riceve tre forme sotto il tabellone principale. Prima di spostare una forma nelle celle vuote, può cambiare la posizione degli esagoni per facilitare i collegamenti. Quando il giocatore completa un compito di connessione di un numero specifico di esagoni, come visualizzato sopra il tabellone, sblocca un esagono di fusione che fonde tutti gli esagoni dello stesso colore in un unico esagono di alto valore.
Super Hexbee Merger dice subito al giocatore che le chiavi del successo nel gioco sono completare un numero specifico di combo e di fusioni in generale e di combo specifiche x3, fondere più di 10 esagoni per livello e cancellare tutti i compiti. Consente inoltre al giocatore di tenere traccia dei propri punteggi medi, migliori e migliori di sempre, nonché delle classifiche dei migliori giocatori medi, odierni e di sempre.
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