Cups - Water Sort Puzzle ist ein lockeres Sortierspiel, das den Ballsortierspielen ähnelt, aber einen leichten Twist hat. Der Spieler muss in fast 400 Levels Flüssigkeiten verschiedener Farben in Flaschen und andere Behälter sortieren, anstatt Bälle. Wenn es gelingt, einen Behälter zu füllen, lässt das Spiel Konfetti platzen, verschließt den Behälter automatisch mit einem Korken und verwandelt das Wasser in ein sprudelndes Getränk.
Die verschiedenen Farben der Flüssigkeit schwimmen in einem Behälter übereinander, ohne sich zu vermischen. Der Spieler sortiert die Flüssigkeit, indem er eine bestimmte Farbe der Flüssigkeit in einen leeren Behälter oder in einen Behälter gießt, in dem die gleiche Farbe oben schwimmt. Mit jedem Erfolg schaltet der Spieler neue Levels frei, aber das Spiel fordert ihn heraus, indem es die Anzahl der Flüssigkeiten und Behälter erhöht, die er zu Getränken sortieren muss. Das Spiel bietet dem Spieler eine Handvoll rückgängig zu machender Züge, um das Gewinnen zu erleichtern.
Der Spieler verdient mit der Zeit Münzen, mit denen er zufällige Behälter im Shop des Spiels freischaltet. Er kann den Betrag, den er verdient, erhöhen, indem er sich eine Werbung ansieht, um einen Münzmultiplikator auf einem mehrfarbigen Drehrad zu erhalten.