Papa`s Bakeria er et tidsstyringssimulationsspil, der fokuserer på madservice og restaurantledelse. En af de tre figurer, Timm, Cecelia eller en spiller-designet figur, søger deres drømmejob i en butik i Whiskfield Mall. Da de bliver udvalgt til jobbet, flytter de for at starte deres nye karriere. Men butikken er lukket, da de ankommer til centret. Papa Louie overrasker dem så med et job i sit nye Bakeria.
Nu har Papa Louie igen manipuleret en intetanende jobsøgende til at overtage en af hans franchisebutikker! Spilleren har intet andet valg end at tage jobbet. De skal udføre alle opgaver for at opbygge kundernes interesse og indtægter, herunder at tage imod ordrer ved ordrestationen, bygge tilpassede tærter ved byggestationen, bage tærter ved bagestationen, afslutte ordrer med toppings ved topstationen og tage imod betalinger.
Spilleren forsøger at optjene fremragende kundeanmeldelser og høje drikkepenge ud over deres ugentlige løn for at modtage forfremmelser fra deres oprindelige Newbie-titel til nye betegnelser som Fudge Fanatic, Pie Decorator, Meringue Master og Banana Buddy. Hver forfremmelse giver dem også adgang til nye kunder, en ekstra medarbejder, nyt tærtefyld og toppings og endda penge til at opgradere restauranten.
Papa`s Bakeria forsyner også spilleren med billetter, som de kan bruge til at betale for at spille sidespil i Foodinis daglige Mini Game Show. De modtager tøj og andre præmier og deltager i en parade foran indkøbscentret.