Bubble Cats Story er et bubble-popping-spil med katteeventyr og et tema om at redde dyr. De antropomorfe katte Berry, Belle, Ziggy, Smokey og Rita har brug for spillerens hjælp på hundredvis af baner. Spilleren popper bobler med projektiler for at udføre opgaver, såsom at redde killinger i badebobler, efter at de er blevet kidnappet af en skurkagtig blæksprutte, og fodre voksne katte med særlige cookies indkapslet i bobler.
Spilleren kan kun sprænge klynger af tre eller flere identiske bobler. I stedet for et traditionelt skydespil styrer de en figur til at bruge projektilbobler, der opbevares i en kasse på et luftskib, som kattene bruger til at flyve fra niveau til niveau.
Spillet tilbyder spilleren flere metoder til at klare en bane hurtigere. De kan skyde mere præcist med en stiplet mållinje. De kan skifte bobleprojektiler. Derudover kan de få adgang til power-ups og boostere ved hjælp af andre figurer. For eksempel kan de fodre en af de andre med nok cookies til, at den pågældende karakter får adgang til en særlig evne og genererer en booster, der sprænger et stort antal blandede bobler.
Bubble Cats Story belønner spilleren med point, stjerner og mønter. Spilleren holder øje med sin score i øverste venstre hjørne. De får flest point, når de sprænger ekstremt store klynger og udfører kombinationsbevægelser, hvor de rammer og sprænger flere klynger i træk uden at ramme ved siden af.
