Tag kontrol over bageriet i Puppy Cupcake ved at lave en række forskellige cupcakes og andre lækkerier. I løbet af spillet blander spilleren alle ingredienserne sammen én ad gangen, før du bager dem. Når de kommer ud af ovnen, kan de pyntes.
Alle ingredienser er på bordet og mærket. En pil viser, hvilke ingredienser der skal tilsættes til skålen først. Det går nogle gange langsomt at trække ingredienserne til skålen, men de hældes ret hurtigt i skålen, efter at de er trukket fra bordet. De første niveauer i Puppy Cupcake indeholder grundlæggende ingredienser og opskrifter. Efterhånden som spillet skrider frem, er der flere smagsvarianter, der tilføjes, og flere dekorationer tilgængelige, så cupcakes ser lidt mere unikke ud. Hvert trin i blandings-, hælde- og bageprocessen vises, så cupcakesene ikke bliver brændt. Der kan skæres dekorationer ud af dej til at sætte på toppen af cupcakesene, og der kan også bruges farvet glasur. Nogle af anvisningerne er ikke klare, hvilket gør det svært at vide, hvordan man ruller dejen for at lave nogle af dekorationerne. I løbet af spillet kan der optjenes præmier for at blande ingredienser, bage og dekorere. Der er tre cupcakes at vælge imellem, og hver cupcake har et andet design.
