Girl Surfer 3D är ett racingspel som utspelar sig i tredimensionella vattenparker där figurerna simmar, surfar och använder vattenskotrar. En flicka på skidor som dras bakom en jetski behöver hjälp med att manövrera vågorna. Spelaren guidar henne genom vertikala hängande guldmynt för att samla mynt. De hjälper henne också att rädda andra tjejer som fastnat i vattnet och manövrera runt en mängd olika hinder.
Alla simmare som spelaren räddar förenar sig med surfaren bakom jetski:n för att skapa en pyramid. Spelaren måste sedan hjälpa dessa karaktärer att utföra huvuduppgifterna att samla in fler mynt, rädda fler tjejer och förhindra att de kraschar in i stenblock och andra objekt.
Som i liknande racing- och rusningsspel, till exempel stickman- och pennarusningsspel, har Girl Surfer 3D ett multiplikatorspår i slutet av körningen. Jetski:n rusar uppför en ramp och kastar flickorna upp i luften och nerför multiplikatorbanan. Området där flickorna landar i vattnet på banan ändrar spelarens nivå av framgång.
Spelet erbjuder också en möjlighet för spelaren att öka mängden guldmynt som de samlar in och senare använder för att köpa skinn som uppgraderar flickans utseende. De behöver bara titta på en annons. De kan också prova nya skinn genom att titta på annonser.