Super Buddy Run är ett plattformsspel med sidscrollning, löpning och hoppning som erbjuder roliga och utmanande spelupplevelser i flera vackra men dödliga miljöer.
Spelarens främsta mål är att hjälpa huvudpersonen att springa i olika världar. Den första är en parkmiljö känd som The Forest som har en nöjespark eller karneval i bakgrunden och en löparbana gjord av stenmurar. Spelet har också ett grottliknande underjordiskt område som kallas Volcano som har tekniskt avancerade strukturer för löparbanan och metallplattformar och en snöig vildmark som kallas Icelands som har isstrukturer bland snötäckta skogar.
Spelaren måste också samla stjärnor och presenter. Med stjärnor låser de upp nya kompisskinn, till exempel en kompis som bär en svart mask märkt med en vit stjärna. Med presenter samlar de in speciella krafter, till exempel en skyddande, bubbelformad sköld som tillfälligt skyddar karaktären mot allt som finns på löpvägen. De kan också använda föremål på banan för att driva buddy-karaktären framåt, till exempel fjäderliknande plattformar.
Super Buddy Run utmanar spelaren med många hinder som kan döda buddy-karaktären, bland annat stickande bin som flyger ovanför, vassa cirkulära och böjda, stationära blad som sticker ut från banan, vattenpölar som kan få karaktären att drunkna och mace-pelare som reser sig upp ur vattnet. Kompisen dör också och nivån börjar om på nytt om spelaren råkar köra karaktärens huvud in i en plattform.