Cups - Water Sort Puzzle är ett avslappnat sorteringsspel som liknar bollsorteringsspel, men med en liten twist. Spelaren måste sortera vätskor av olika färger i flaskor och andra behållare istället för bollar i nästan 400 nivåer. När de lyckas fylla en behållare poppar spelet upp en explosion av konfetti, förseglar behållaren med en kork automatiskt och förvandlar vattnet till en sprudlande dryck.
De olika färgerna på vätskan flyter ovanpå varandra i en behållare utan att blandas ihop. Spelaren sorterar vätskan genom att hälla en viss färg på vätskan i en tom behållare eller i en behållare som har samma färg flytande i toppen. Spelaren låser upp nya nivåer med varje framgång, men spelet utmanar dem genom att öka antalet vätskor och behållare som ska sorteras till drycker. Spelet ger spelaren en handfull drag att ångra för att göra det lättare att vinna.
Spelaren tjänar mynt med tiden som de använder för att låsa upp slumpmässiga behållare i spelets Shop. De kan öka beloppet som de tjänar genom att titta på en annons för att få en belöningsmyntmultiplikator på ett flerfärgat snurrhjul.
