Water Color Sort är ett sorteringsspel. Spelaren måste använda sin slutledningsförmåga för att avgöra vilka åtgärder som är bäst att vidta för att sortera band av färgat vatten i provrör. Spelet liknar bollsorteringsspel som använder bollar istället för färgat vatten. Det finns totalt 40 nivåer. Spelaren måste slutföra en uppgift i en nivå för att låsa upp nästa nivå. De är framgångsrika när de sorterar alla olikfärgade band av vatten i separata provrör.
Spelaren kan bara överföra ett färgat band av vatten till ett tomt rör eller ett rör som innehåller en matchande färg som är fristående eller ovanpå icke-matchande färger. Om de gör ett misstag får de fem chanser att ångra ett tidigare drag med en ångra-knapp märkt med en vänsterpekande pil och ett nummer.
Tack och lov tillåter Water Color Sort också spelaren att återställa en nivå om de inte kan ångra sitt senaste drag eller helt tar slut på alternativ. De behöver bara klicka eller trycka på knappen längst upp på skärmen markerad med en böjd bakåtpil. De kan också lägga till ett extra provrör på spelplanen med en knapp i det övre högra hörnet märkt med ett plustecken och en provrörsikon.
Det är viktigt att notera att spelet ökar antalet och nyanserna av färger med varje ny nivå. Spelaren måste tänka strategiskt för att upptäcka rätt kombination av drag som är nödvändiga för att slutföra uppgiften.