Capybara Clicker, ett stegvis tomgångsspel, ger spelaren möjlighet att kombinera den populära klickspelet med förtjusande capybaror. Spelarens enda mål är att få capybaror att föröka sig till höga antal, över kvadriljoner. Spelaren kan också uppgradera huvudcapybaras skinn och vädret.
Spelaren börjar med en normal capybara på en solig dag. De måste generera ett visst antal capybaras för att öka produktionen per sekund och per klick. När de når vissa nivåer låser de upp skinnen och uppdaterar dem automatiskt på skärmen. Populära skinn inkluderar Witch Capybara, King Capybara, Pixelated Capybara, Wizard Capybara och Galactic Capybara. Vädret uppdateras också automatiskt från sol till regn, stjärnregn, blåsigt och snö. Efter att dessa områden har låsts upp kan spelaren byta till det alternativ de gillar mest eller behålla det uppdaterade.
Capybara Clicker är mestadels tomt efter att spelaren nått en viss punkt eftersom de kan ställa in klickstyrka via en autoklicker i spelet och andra verktyg som multiplicerar capybarorna i ett ständigt ökande antal och tempo. Detta ger deras hårdvara en paus också. Spelaren köper verktyg med capybara-poäng. Spelet förser dem också med gratis offlinevinster, en 2X multiplikator per klick när de fyller mätaren nära det nedre vänstra hörnet av skärmen och efter att de tittat på annonser. Så småningom når de en uppstigningspunkt och börjar om med en permanent, otroligt hög multiplikator.
Avkopplande musik spelas upp under produktionsprocessen för att göra hela upplevelsen mer avkopplande!