I Boeing Flight Simulator 3D får spelaren ta kontroll över ett kommersiellt flygplan som pilot och måste utföra vissa flyguppgifter, t.ex. flyga genom vita ramar i luften och transportera och släppa av passagerare på destinationsflygplatser. För varje lyckad resa får spelaren tillgång till ytterligare flygplatser samt kontanter och mynt för att betala för bränsle och uppgraderingar av flygplanet.
Denna simulator visar ingen cockpit. Istället använder spelaren flytande verktyg i förgrunden av utomhusscener och exteriörbilder av planet. Spelet ger spelaren möjlighet att byta kameravyer för att se planet, landningsbanan och andra miljöer från olika perspektiv. Det tillhandahåller också ljusgröna ledlinjer på himlen för att visa den korrekta vägen som de måste ta för att nå sin destination.
Boeing Flight Simulator 3D kräver att spelaren använder ett tangentbord för att styra planet uppåt, nedåt, till vänster och höger samtidigt som han eller hon håller ett öga på den konstgjorda horisontens bubbla eller höjdindikatorn och bränslemätaren. Annars använder spelaren musen eller touch-enheten för att göra justeringar, till exempel genom att skjuta på dragspakarna för att accelerera och bromsa och genom att trycka på knapparna för landningsställen och bromsar.
