Watermelon Merge is een logisch puzzelspel van Suika waarin de speler met behulp van natuurkunde en samenvoegmechanismen fruit in een bak moet samenvoegen tot een hele watermeloen. Het spel bevat elementen van het originele Suika-spel en andere samenvoegspellen zoals 2048.
De speler moet kleine, antropomorfe vruchten laten evolueren tot grote vruchten. Ze beginnen met kersen en aardbeien. De evolutiecyclus groeit vervolgens naar druiven, citroenen, sinaasappels, rode appels, gele appels, ananassen, groene meloenen en watermeloenen. De speler laat de vruchten evolueren door een fruitsoort op een bijpassende fruitsoort te laten vallen in een doorzichtige bak met roze rand die voor een muur bij een raam in een huis is geplaatst.
Het spel bevat ook andere doelen die de speler kan volgen via een horizontale doellijn onder een bel met de score en de hoogste score aller tijden linksboven in het scherm. Als de balk vol is en de speler een doel heeft bereikt, verschijnen de woorden "Watermelon Sugar High!" met een spetter van watermeloen.
Watermelon Merge biedt de speler verschillende hulpmiddelen om het samenvoegen sneller te laten verlopen, waaronder een witte verticale miklijn, een voorbeeldbel voor het venster van de kamer, een schudoptie waarmee de speler de container één keer gratis kan schudden en daarna reclame kan bekijken, en een halfronde evolutiecyclustoets. Het spel wordt ook uitdagender door te schakelen tussen dag en nacht en de seizoenen.