Super Onion Boy is een side-scrolling platformgame met een klassiek avonturenverhaal en arcade-achtige graphics en geluiden. De hoofdpersoon, Super Onion Boy, moet de prinses redden van vijanden die haar gevangen hebben genomen in een magische bel terwijl ze samen aan het wandelen waren. De speler helpt de held met allerlei acties om punten te verdienen, vijanden tijdens de reis te verslaan en munten, sterren, extra levens en krachtdrankjes te verzamelen.
Het spel bevat verschillende natuurlijke omgevingen in 15 levels. Het spel begint in het Groene Woud. Na verloop van tijd helpt de speler het personage andere gebieden te verkennen, waaronder Crab Island, Sky Mountain, Green Jungle, Desert Hill en Dark Mountain. Een timer telt af tijdens het spel. Bovendien krijgt het personage een beperkt aantal levens. De speler moet hem helpen lopen, springen, springen, vallen en zweven om vijanden te omzeilen, weg te slaan of uit te schakelen, waaronder wortels die hem van platforms kunnen slaan, radijsjes met jetpacks die uit pijpen in de grond omhoog komen en vrolijke sinaasappels die als keien rondrollen.
Super Onion Boy geeft de speler toegang tot superkrachten voor het titelpersonage via drankjes. Het personage kan kleine vuurballen gooien, bellen gebruiken om te zweven in plaats van door de lucht te vallen en een diamanten schild van onoverwinnelijkheid opzetten.
De speler laat het personage ook ondergrondse grotten verkennen en naar andere gebieden teleporteren via de pijpen. Ook in deze gebieden moet je oppassen voor vijanden en vallen, zoals vleermuizen, krabben en stilstaande en vallende pieken.
