Pogo Runner is een pixelachtig loopplatform waarin schattige dieren vijanden verslaan terwijl ze op een pogo-stick verbazingwekkende landschappen verkennen. Met 60 avontuurlijke levels kan de speler een heleboel uitdagende tests verwachten van zijn vermogen om logica- en natuurkundige puzzels op te lossen.
De speler begint als een wit konijn in een pastoraal landschap vol glooiende heuvels, houten hekken, worteltoppen en drijvende graslandmassa`s. In plaats van drijvende gouden munten te verzamelen, verzamelt hij ronddwarrelende reuzenlolly`s die hij op zijn beurt weer oppakt. In plaats van drijvende gouden munten te verzamelen, verzamelt de speler ronddwarrelende gigantische lolly`s die hij later kan inruilen voor toegang tot een van de vier extra personages, waaronder een kikker en een kat.
Het spel daagt de speler uit met tal van vijanden en obstakels. Ze moeten bijvoorbeeld rapen met witte hoofdbanden verslaan door op hun hoofd te stuiteren. Ze krijgen ook te maken met spikes op de grond, draaiende wielen met gekartelde messen die automatisch rond zwevende platforms bewegen en driehoekige spikes die van bovenaf vallen. Het spel heeft zelfs een levensgrote horizontale schuifregelaar en een blok met uitklappende bladen dat heen en weer schuift.
In Pogo Runner moet de speler in elk level de dynamische zwart-wit geblokte finishzone bereiken. Een enkele botsing vanuit elke richting met een dodelijk obstakel doodt het konijntje. Als de speler faalt, moet hij een heel level opnieuw beginnen, tenzij het een vlaggenmast met een checkpoint heeft, gemarkeerd door een gele neergelaten vlag die verandert in een rode opgestoken vlag.
