Squishy Fruits ist ein Verschmelzungsspiel, das Ähnlichkeiten mit Inkremental-, Verschmelzungs-, Blasenschieß- und Pop-it-Spielen aufweist. Der Spieler fügt Früchte in einem schmalen, blauwandigen Behälter zusammen, um größere Früchte zu erhalten. Im Gegensatz zu den Suika-Mischspielen fügt der Spieler keine kleinen Früchte zusammen, um andere Arten größerer Früchte zu erzeugen. Stattdessen legt er nach und nach kleine Versionen von geschnittenen Früchten auf die gleichen Sorten, um größere Ballonversionen mit matschigen Seiten zu erzeugen, die schließlich groß genug werden, um automatisch zu platzen. Ihr Ziel ist es, so lange wie möglich zu spielen, um die höchste Punktzahl zu erreichen, ohne dass eine Frucht eine rote horizontale Linie am oberen Rand des Behälters erreicht.
Der Spieler wählt zwischen Standard- und erweitertem Spiel. Beim erweiterten Spiel erhält der Spieler lediglich 10 Kippbewegungen und eine kürzere Verzögerung zwischen den Tropfen. Bei einer Kippbewegung schiebt das Spiel alle Früchte wie Kiwis, Kokosnüsse, Äpfel, Orangen, Mangostanfrüchte, Papayas und Wassermelonen von einer Seite des Behälters auf die andere, damit sie automatisch zusammengeführt werden. Zu allen anderen Zeiten rollen, hüpfen und schwimmen die Früchte, was ebenfalls zu automatischen Verschmelzungen führt. In einem Standardspiel kann der Spieler jederzeit Anzeigen ansehen, um zusätzliche fünf Kippungen pro Seite zu erhalten. Er kann auch eine Obstsorte auswählen, die er fallen lassen oder aufspringen lassen kann, um Verschmelzungen zu erreichen und mehr Platz im Behälter zu schaffen.
Squishy Fruits zeigt eine Vorschau der nächsten drei verfügbaren Früchte in der oberen linken Ecke an. Außerdem kann der Spieler eine Frucht in einem Lagerbereich aufbewahren, bis sich eine Möglichkeit zum Zusammenführen ergibt.
