Organization Princess ist ein Puzzlespiel, bei dem es um Ordnung geht. Das Hauptziel des Spielers ist es, Stapel von Objekten richtig anzuordnen. Außerdem versucht er, bis zu drei Sterne zu verdienen.
Das Spiel bietet vier Modi (Room, Classic, Levels und Memory). Jeder Modus bietet ein etwas anderes Thema. Die Methode, Objekte zu arrangieren, ist jedoch im gesamten Spiel die gleiche. Der Spieler erhält einen Stapel von Objekten, der auf der rechten Seite des Spielfelds platziert wird, entweder rechts neben einem Raum oder über einem Organigramm. Er zieht die Objekte vom Stapel auf die geordneten Positionen. So können sie zum Beispiel Möbel in einem Raum, Süßigkeiten in Behältern in einem Geschäft, Bücher in einer Bibliothek oder themenbezogene Objekte auf einem in Abschnitte unterteilten Blatt Papier anordnen.
Wenn der Spieler ein Objekt an der falschen Stelle platziert, unterbricht das Spiel die Hintergrundmusik. Es lässt auch automatisch Objekte fallen. Wenn der Spieler ein Objekt in der Nähe der richtigen Stelle loslässt, zerrt das Spiel das Objekt leicht in die richtige Position und verweigert dem Spieler, es erneut zu bewegen.
Organization Princess zeigt dem Spieler auch die richtigen Stellen für alle Gegenstände, wenn er eine mit einer Glühbirne markierte Hinweis-Schaltfläche benutzt. Allerdings muss er sich dafür eine Werbung ansehen. Durch das Anschauen von Werbespots kann der Spieler auch die Energie verdienen, die er für den Zugang zu neuen Bereichen des Spiels benötigt.
