Super Stacker 3 er et spil med byggeklodser, der er baseret på den populære Super Stacker-serie. Det indeholder antropomorfe figurer (lilla kasser, gule cirkler og grønne trekanter), som spilleren skal bruge sammen med viden om byggeklodser, geometri og fysik til at løse designudfordringer på 40 niveauer. De kan bygge et tårn, lave ben til en kæmpe eller skabe en struktur med en flad top.
Spilleren får et bestemt antal forskellige figurer i hvert niveau, som de gennemgår på en bjælke over spillepladen. For at lykkes skal de blot skabe en stablet struktur med figurerne, som nogenlunde opfylder udfordringen og ikke vælter i mindst 10 sekunder. Hvis spilleren fejler, viser figurerne negative følelser, såsom vrede, bekymring, frygt og chok.
Super Stacker 3 er næsten identisk med Super Stacker 2, bortset fra at det byder på mere end 40 nye udfordringer og designmuligheder. Det har heller ikke en stak editor til at designe nye stakke. Når det er sagt, er gameplayet nøjagtig det samme. Spilleren stabler figurer i 10 niveauer pr. tilstand på tværs af fire tilstande rangeret fra lettest til sværest. I denne version er tilstande kendt som "pakker" (Pack 1, Pack 2, Pack 3 og Pack 4). Hvis spilleren gennemfører dem alle, kan han eller hun også spille en bonustilstand.