Super Stacker 2 er et sjovt spil med byggeklodser, der indeholder elementer af geometri og fysik. Det kræver, at spilleren skal stable antropomorfe figurer i form af lilla kasser, grønne trekanter og gule cirkler, som dikteret af unikke designudfordringer på hvert enkelt niveau. Spilleren kan f.eks. være nødt til at bygge et tårn, en skolebus eller en pyramide.
Spilleren behøver ikke at være perfekt, når han skaber stakkene. De får vist de resterende figurer, der er til rådighed for at færdiggøre en stak, i en bjælke over spillefeltet. For at fuldføre en stak korrekt skal de blot have blokkene til at stå oprejst i mindst 10 sekunder. Figurerne smiler glædeligt, når spilleren vinder niveauet. Hvis nogen af figurerne virker bange eller ked af det og falder ned fra stakken under den nederste kant af skærmen, taber spilleren og må starte forfra.
Super Stacker 2 giver spilleren fire tilstande med 10 niveauer (Easy Stacks, Medium Stacks, Tricky Stacks og Hard Stacks). Hvis spilleren klarer udfordringerne i alle 40 niveauer på tværs af disse tilstande, får han adgang til en særlig bonustilstand. De kan også oprette og dele deres egne stack-udfordringsniveauer ved hjælp af en særlig stack-editor til tilpasning.
