Wheely 3 fortsätter spelarens uppdrag att hjälpa den antropomorfa bilen Wheely att navigera i sin värld. I den här delen behöver Wheelys kärlek, Jolie, ett nytt hjul. Spelaren instruerar Wheely att utföra olika uppgifter för att skaffa ett hjul till henne. Precis som i de två tidigare delarna måste spelaren använda sunt förnuft, slutledningsförmåga, vetenskapsbaserade färdigheter och en mängd olika verktyg för att lösa pussel, hantera både icke-hotfulla och hotfulla fordon och slutföra varje nivå i spelet.
