Bubble Cats Story är ett bubbelpoppningsspel med kattäventyr och ett djurräddningstema. De antropomorfa katterna Berry, Belle, Ziggy, Smokey och Rita behöver spelarens hjälp i hundratals nivåer. Spelaren poppar bubblor med projektiler för att slutföra uppgifter, till exempel att rädda kattungar i badbubblor efter att de har fångats av en skurkaktig bläckfisk och mata vuxna katter med speciella bubbelhöljda kakor.
Spelaren kan bara poppa kluster med tre eller fler identiska bubblor. Istället för ett traditionellt skjutspel styr de en karaktär att använda projektilbubblor som förvaras i en låda på ett luftskepp som katterna använder för att flyga från nivå till nivå.
Spelet erbjuder spelaren flera metoder för att rensa en nivå snabbare. De kan göra mer exakta skott med en prickad mållinje. De kan byta bubbelprojektiler. Dessutom kan de få tillgång till power-ups och boosters med hjälp av andra karaktärer. De kan till exempel mata en av de andra med tillräckligt många kakor för att den karaktären ska få tillgång till en speciell förmåga och generera en booster som spränger ett stort antal blandade bubblor.
Bubble Cats Story belönar spelaren med poäng, stjärnor och mynt. Spelaren håller koll på sin poäng i det övre vänstra hörnet. Mest poäng får man när man poppar extremt stora kluster och utför kombinationsrörelser där man lyckas träffa och poppa flera kluster i rad utan att missa.
