Mecha Run är ett avslappnat spel som kräver att spelaren, via en gul stickman med ett stort huvud, använder spakar för att styra en mecha runt, genom eller över hinder på olika hinderbanor i ett havsområde. Spelarens mål är att hjälpa mechen att nå en svartvit målring i slutet av banan. Om något hinder skadar mechen för mycket i en nivå måste spelaren starta om nivån.
Hinderbanorna har bruna och grå väggar, roterande sågblad och andra hot. Efter så många nivåer måste spelaren också delta i en bossstrid. Spelaren använder spakar på mechen för att flytta den till vänster, mitten eller höger på en bana. Med det sagt kan de inte alltid styra mechen runt en fara. Därför måste de utrusta speciella förmågor, verktyg och vapen. De kan till exempel utrusta en chockvågsbonus som skickar ut en puls som slår ner väggar av grå block, en oövervinnelig kraft som skyddar mechen eller en flygande drönare som släpper bomber. Verktyg och vapen inkluderar en eldbollskanon, en spetsig borrkrona och en motor i nitro-stil.
Mecha Run förser spelaren med nya verktyg och vapen efter varje lyckad körning. Spelaren måste titta på annonser för att utrusta bonusförmågor.
