Super Buddy Run is een zijwaarts scrollende, rennende en springende platformgame die leuke, uitdagende gameplay biedt in verschillende prachtige, maar dodelijke omgevingen.
Het primaire doel van de speler is om het hoofdpersonage te helpen rennen in verschillende werelden. De eerste is een parkomgeving die bekend staat als The Forest, met op de achtergrond een pretpark of kermis en een looppad van stenen muren. Het spel heeft ook een spelonkachtig ondergronds gebied, de Vulkaan, met technologisch geavanceerde structuren voor het looppad en metalen platforms, en een besneeuwde wildernis, IJsland, met ijsstructuren in besneeuwde bossen.
De speler moet ook sterren en cadeautjes verzamelen. Met sterren speel je nieuwe buddy skins vrij, zoals een buddy die een zwart masker draagt met een witte ster. Met cadeautjes verzamelen ze speciale krachten, zoals een beschermend, bubbelvormig schild dat het personage tijdelijk beschermt tegen alles op het looppad. Ze kunnen ook voorwerpen op het pad gebruiken om het buddy-personage voort te stuwen, zoals veerachtige platforms.
Super Buddy Run daagt de speler uit met een heleboel obstakels die het buddy-personage kunnen doden, waaronder stekende bijen die overvliegen, scherpe ronde en gebogen, stilstaande messen die uit het pad steken, plassen water waarin het personage kan verdrinken en knuppelpilaren die uit het water omhoog komen. De buddy sterft ook en het level begint opnieuw als de speler per ongeluk met zijn hoofd tegen een platform loopt.