Organization Princess is een puzzelspel met een ordelijk thema. Het belangrijkste doel van de speler is om stapels voorwerpen op de juiste manier te ordenen. Ze proberen ook drie sterren te verdienen.
Het spel heeft vier speltypen (Kamer, Klassiek, Niveaus en Geheugen). Elk speltype heeft een iets ander thema. Toch is de methode voor het ordenen van voorwerpen in het hele spel hetzelfde. De speler krijgt een stapel voorwerpen aan de rechterkant van het speelgebied, rechts van een kamer of overlappend met een organigram. Ze slepen de voorwerpen van de stapel naar georganiseerde posities. Ze kunnen bijvoorbeeld meubels ordenen in een kamer, snoep in bakken in een winkel, boeken in een bibliotheek of thematische objecten op een stuk papier dat in secties is verdeeld.
Als de speler een voorwerp op de verkeerde plek zet, onderbreekt het spel de achtergrondmuziek. Ook laat het spel automatisch objecten vallen. Als de speler een voorwerp loslaat in de buurt van de juiste plek, trekt het spel het voorwerp een beetje op zijn plaats en weigert het de speler om het opnieuw te verplaatsen.
Organization Princess laat de speler ook de juiste plek voor alle voorwerpen zien als hij een hintknop gebruikt die is gemarkeerd met een gloeilamp. Ze moeten echter wel een reclame bekijken om deze te kunnen gebruiken. Ze kunnen ook de energie verdienen die ze nodig hebben om toegang te krijgen tot nieuwe delen van het spel door naar reclames te kijken.
