Merge Jewels is een klik-tik-tegel-match spel met gekleurde juwelen op bijpassende tegels met ronde hoeken. De speler moet drie of meer bij elkaar horende juwelen selecteren om ze zo snel mogelijk van het speelveld te verwijderen. Het doel is om een hoge score te halen voordat de acties van het spel ervoor zorgen dat ze geen zetten meer hebben.
Het spel presenteert de juwelen door elkaar in rijen. Naarmate de tijd verstrijkt, worden er automatisch nieuwe rijen van onderaf op het veld geplaatst. De speler kan alleen tegels verwijderen door er één uit een groep van drie of meer te kiezen. In tegenstelling tot veel populaire Match-3-spellen kan de speler clusters selecteren die niet op een lijn liggen. Hij kan bijvoorbeeld een cluster selecteren met twee stenen op een rij en een aangrenzende passende steen op de rij erboven of eronder. Het spel geeft aanvankelijk een hint over geldige clusters door witte cirkels boven de overeenkomende tegels te laten zweven en pulseren.
Merge Jewels biedt de speler ook automatische boosters. Zo nu en dan worden er flesjes in de vorm van een drankje tussen de juwelen gemixt. Deze flesjes voeren verschillende taken uit. Een rond flesje met een regenboogkleurige vloeistof werkt als een bom. Een flesje met één kleur vloeistof verwijdert alle tegels van het veld die overeenkomen met de kleur. Een fles met twee halfronde pijlen verwisselt een aantal willekeurige tegels. Sneeuwvlokken in flessen bevriezen alle acties.
Als de speler slechts één of twee tegels aanraakt, verliest hij punten. Het spel geeft het verlies weer als een negatief rood getal. Als de speler de tegels naar de bovenkant van het veld laat glijden, krijgt hij een eerste waarschuwing. Als het te lang duurt om bijpassende lagere stenen te verwijderen zodat de bovenste stenen weer naar beneden vallen, worden alle stenen grijs en eindigt het spel.
