Marble Puzzle Blast is een bubbelschietspel in flipperkaststijl dat bubbels vervangt door knikkers. In tegenstelling tot klassieke bubbelschieters met rijen bubbels aan de bovenkant van een speelveld en een pijl- of kanonschutter, heeft dit spel een kronkelend spoor dat een trein van kleurrijke knikkers afrolt naar een uitgang en een regenboogkleurige vlinderschutter.
De speler verwijdert knikkers uit de trein als het projectiel een connect-3-lijn voltooit. De speler schiet bijvoorbeeld een gele knikker naar twee of meer verbonden knikkers van dezelfde kleur en hetzelfde patroon in het midden van de trein. De gele knikkers verdwijnen en de overgebleven knikkers rollen achterwaarts over het spoor.
Als de overgebleven twee helften van een trein weer met elkaar in verbinding komen met bijpassende knikkers, verdwijnen de bijpassende knikkers ook van het spoor. Na drie opeenvolgende zelfvernietigende knikkerscenario`s krijgt de speler een booster, zoals een zwarte bom die alle knikkers in zijn straal vernietigt, een regenboogknikker die alle knikkers van dezelfde kleur vernietigt of een vuurknikker die alle knikkers vernietigt die hij aanraakt.
Met Marble Puzzle Blast kan de speler ook speciale knikkers afschieten die boosters bevatten, zoals een raket die willekeurige knikkers vernietigt, een pauzeknop die de trein stopt en een omgekeerde pijl die de beweging van de trein omkeert. Ze kunnen ook een dagelijks cadeautje ontvangen, gratis start overs, extra punten voor het schieten van buitzakken en munten om boosters te kopen.
