Fish Story 3 is nog een match-3 puzzelspel in de leuke en spannende Fish Story serie. Op de bodem van de oceaan, tussen zeewier, sponzen, zeeslangen en schildpadden, zoekt de speler level voor level drie of meer identieke voorwerpen op borden om opdrachten uit te voeren voor een zeemeermin genaamd Pearl. Ze verzamelen meestal zeedieren en voorwerpen en voeren andere acties uit. Ze ontvangen tot drie prestatiesterren per level en munten.
De speler maakt krachtige gereedschappen en ontvangt boosters om sneller klaar te zijn, wat belangrijk is omdat ze een beperkt aantal zetten krijgen. Op een bord kunnen ze lijn- en kruisontploffingen en regenboogbommen maken door meer dan drie stukken te combineren en unieke matchscenario`s te creëren. Ze kunnen ook het samenvoegmechanisme gebruiken om twee speciale voorwerpen te koppelen om nog krachtigere manieren te creëren om voorwerpen te verwijderen en te verzamelen. Bovendien krijgen ze aan de rechterkant van het bord boosters waarmee ze stukken kunnen verwisselen of verwijderen om lijnen te maken.
Fish Story 3 geeft de speler cadeautjes van Pearl en andere beloningen als ze bepaalde levels bereiken. Deze cadeautjes geven meestal extra munten en boosters. Ze kunnen dan munten gebruiken om boosters te activeren en te kopen.
