Fish Story 2 is het volgende spannende match-3 puzzelspel in de Fish Story-serie. De speler helpt een zeemeermin bij het verzamelen van onderzeese voorwerpen, zoals zeesterren, schelpen en kwallen, in talloze levels die worden weergegeven door stapstenen op een pad diep in de oceaan. Elk level van het spel bevat een opdracht die aan de speler wordt gegeven. Ze voltooien de opdracht door drie of meer bijpassende voorwerpen in een rij of kolom op een bord te plaatsen.
Het spel biedt de speler verschillende methoden om voorwerpen sneller te verzamelen. Als ze meer dan drie dezelfde voorwerpen met elkaar verbinden, kunnen ze een booster maken, zoals een lijnontploffing, een kruisontploffing en een kleurenbom. Met de kleurenbombooster kunnen ze bijvoorbeeld de bom gebruiken om alle voorwerpen van hetzelfde type in één beweging van het bord te verwijderen. Ze ontgrendelen ook verschillende boosters, waaronder een wisselbooster en een drietand. De speler kan extra boosters kopen met munten die hij aan het eind van elk level verdient en ontvangt gratis dagelijkse cadeaus en schatkisten.
Fish Story 2 biedt andere leuke spelvormen. De speler kan mystery notes verzamelen en zelfs meedoen aan een toernooi.