Cubito is een eindeloze arcade runner met elementen die lijken op slangenspellen. Een speler moet een slang of trein van magenta kubussen over twee sporen van neongroene kubussen leiden die in een paars gebied hangen dat lijkt op de ruimte. Hun enige taak is om de kubussen zo lang mogelijk op een van de twee sporen te houden om hun beste score te behalen.
Net als bij slangenspellen kan de speler kubussen van zijn slang/trein verliezen als hij er niet in slaagt hem om obstakels op de sporen heen te leiden, waaronder paarse muren en roze barrières. De sporen hebben ook korte en brede openingen die het voor de speler moeilijk kunnen maken om de afstanden en het beschikbare resterende spoor in een sectie in te schatten. Het spel bevat rode omgekeerde sporen die zowel dodelijk zijn om aan te raken als de groene sporen uitzetten en inkrimpen, wat het inschatten van de locaties van gaten nog moeilijker maakt. Bovendien zijn er witte snelheidsblokjes met pijlen die ervoor zorgen dat de blokjes van de speler te snel over een spoor gaan.
Elke keer dat de speler een obstakel raakt of er niet in slaagt gedeeltelijk op een groen spoor te blijven, verliest hij magenta blokjes. Als hun blokjes tegen een barrière botsen of door een gat vallen, verliezen ze het spel. Ze moeten dan opnieuw beginnen en proberen beter te doen dan hun laatste beste score.
Cubito biedt een genezingshulpmiddel om de speler de kans te geven door te gaan op de groene sporen. Telkens als de speler de kubussen door een magenta kubus met een hartje erop stuurt, wordt de hele slang/trein weer groter.
