Bubble Shooter Pro 3 is weer een nieuwe aflevering in de leuke Bubble Shooter Pro-serie eindeloos bellen schieten. De speler schiet bubbels die met een bubbelprojectiel en een schutter over een speelveld naar beneden glijden. De bubbels kunnen met verschillende snelheden naar beneden glijden, waardoor de speler gestaag moet blijven schieten om een opstapeling te voorkomen. De bubbels vallen alleen van de rijen af als de speler er drie of meer van dezelfde kleur heeft. Het doel is om zoveel mogelijk punten te verdienen voordat de rijen bubbels onder een horizontale lijn aan de onderkant van het scherm glijden.
Het spel behandelt de bubbels als stuiterballen. Ze knallen als ze de puntenzones raken die aanvankelijk met 60 | 120 | 300 | 120 | 60 onderaan het veld zijn gemarkeerd. Als de speler bubbels achtereenvolgens verwijdert, verdient hij vermenigvuldigers die de beschikbare punten in de zones verhogen. Als ze doorgaan met het schieten en verwijderen van bubbels zonder onderbreking (d.w.z. een streak creëren), verdienen ze vuurballen en bommen en zelfs een puntenzone die "in brand" staat. De vermenigvuldigers verhogen de punten tot 200 | 400 | 1000 | 400 | 200.
Bubble Shooter Pro 3 beloont ook punten als de speler andere online spelers inhaalt met een hogere score. Ze verdienen extra punten als ze boosters gebruiken of specifieke makkelijke en middelmatige prestatiedoelen bereiken. Ze moeten bijvoorbeeld een bepaald aantal bom- of vuurbalboosters gebruiken of een bepaald aantal dagen achter elkaar spelen.