Bubble Guriko is een bubble-popping game die nieuwe elementen biedt aan de klassieke gameplay. Een schurk genaamd Cosmos heeft besloten een vakantie te nemen op eilanden die bewoond worden door een ras dat bekend staat als de Gurikos. Wanneer baby Gurikos zijn aardbeien eten en zijn drank drinken, laat hij ze allemaal in bellen vallen. De speler helpt de ouders door bubbel-popping opdrachten uit te voeren om de baby`s te bereiken in meer dan 100 levels.
Zoals bij de meeste bubbelschietspellen hangen er rijen aaneengesloten, gemengde bubbels aan de bovenkant van een veld. De baby Gurikos in bubbels zitten vast in het patroon. In tegenstelling tot andere spellen is er geen pijl, kanon of ring "schutter" waarmee de speler een projectielbel van de bodem van het veld schiet. In plaats daarvan kiezen ze een bel die door Cosmos en zijn magische staf wordt geproduceerd en die omhoog zweeft naar de rijen en vervolgens een apart, schaduwrijk doelwit naast twee of meer bij elkaar horende verbonden bellen.
Bubble Guriko bevat ook booster bubbels. De speler kan een katapultbel gebruiken om moeilijk bereikbare bellen te laten knappen, een regenboogbel om elke kleur of soort bel te schieten en een straalbel om een horizontale rij bellen uit te schakelen. Ze kopen extra boosters met aardbeien.
De speler krijgt punten en sterren als beloning. Ze krijgen ook XP voor prestaties, zoals het redden van een bepaald aantal baby-Gurikos, het verzamelen van een bepaald aantal sterren en het vrijspelen van specifieke boosters. Tot slot kunnen ze via Facebook in contact komen met andere spelers.